魏晉南北朝時期中國主要的哲學思潮是玄學與佛學。佛學屬于外來的文化，它在中國的傳播首先要解決的就是中國化的問題，這在魏晉時期主要表現為與玄學的合流。玄學就其思想本質來說，是屬于道家的，因此有學者稱其為新道家。而玄學的興起，與兩漢儒學的發展方向有很大的關系，它基本上是由批判儒家的倫理主義與兩漢的神學目的論而引發的，而所使用的思想武器就是道家的追求個體自由的精神。
這也是一種人文主義，但與漢末批判思潮所依據的儒家人文主義精神有本質的區別。其實，漢末批判思潮的重要代表人物仲長統已經有這方面的思想傾向。如仲長統，玄學家們也不能回避已經滲透到社會、政治生活各個領域的儒學有關問題。在玄學家們所尊奉的三部經典-所謂“三玄”中，除《老子》、《莊子》外，就有儒學經典《周易》。再如，以孔子為圣人，這是當時社會的普遍看法，玄學家們也并不否認這一點，而且，許多玄學家為《論語》作過注，特別是何晏的《論語集解》，更為后世所推崇。最為重要的一點是，“名教”與“自然”的關系，一直是玄學家們所爭論的比較關鍵的問題。對這個問題的回答，就是對儒道關系問題的解答。
玄學起于“清談”，“清談”早期內容的一個重要方面就是人物品評。我們知道，漢代的察舉制度使“名節”問題成為儒者能否進入仕途的關鍵。但隨著漢末政治的腐敗，這種制度的弊端也日益暴露出來，沽名釣譽、名不副實的比比皆是。魏武帝曹操已經洞察到其弊端，所以在建安十五年(210)、十九年(214)、二十二年(217)他所發布的三道求才令(見《三國志·武帝紀》)中，對依靠以儒家倫理道德為依據的“名節”來選舉官員的作法表示了極大的蔑視，提出“唯才是舉”，并非常明白地說，可以任用“不仁不孝而有治國用兵之術”的人。曹操的三道求才令中，所提到的一個主要觀點就是才能與德性(即“才”、“性”)之間沒有必然的聯系，這無疑是對兩漢儒學名教制度的嚴厲打擊。才性問題也是玄學家們早期“清談”的核心問題，如鐘會撰有《四本論》，對當時流行的關于才性同異、合離四種不同看法作了評述。由才性問題而至“名教”與“自然”的問題，則意味著對儒學思想的更深層的清算。
玄學的開創性人物當推何晏、王弼，他們活躍于魏齊王芳正始年間(240-249)，故他們所領導的這一時期玄學思潮又稱“正始玄學”。何晏、王弼都祖述老、莊，提倡“以無為本”。他們所說的“無”，就是道家的自然之道，以其強調“無名”、“無譽”等等對外在的、人為的規范的否定，故用“無”來命名。玄學家們認為自然就是萬物包括人存在的本質，以此來反對儒家的尚名節、重仁義，以為這正是以“無”為特征的自然本質的喪失。如王弼以“自然”為本，“仁義”為末，提倡“崇本以息末”，這是明顯的對儒學名教的反對。不過，王弼又有“崇本以舉末”這一面的思想，認為只有依于自然之道而行，才可能實現仁義，也就是說，成就仁義并非“用”、仁義所能達到的。這就是用超倫理的手段來實現道德倫理的社會價值，其實，正是對儒學名教倫理主義的削弱。孔子當時仍為圣人，老莊并非圣人，老莊言“無”，孔子不說“無”，王弼這樣解釋，“無”不可說，所以圣人不說;老莊說無，不免于有，所以低于圣人。這是明顯的以老莊解孔子。何晏有類似說法，如以圣人為“名無名”、“譽無譽”(《列子·仲尼》張湛注引)，也是以儒學名教本于無名、無譽的自然之道。再如稍前的夏侯玄，以為“天地以自然運，圣人以自然用”(同上)，看法大同小異。
代曹魏而興者，為司馬氏集團。司馬氏集團很早就開始了對曹魏政權的奪權運動，何晏就死于這場殘酷的政治斗爭中。司馬氏是當時的儒家豪族，在奪權運動中，一方面采用殘暴的手段瘋狂鎮壓異己力量;同時，利用儒學名教作為思想宣傳武器。而在晉統治地位確定以后，更在名教的偽善面具之后，盡窮奢極欲之能事。這一時期玄學家們對名教的強烈反對，是與反對司馬氏集團的政治斗爭聯系在一起的，代表人物為阮籍、嵇康。
早期玄學家何晏、王弼推崇老子，阮籍、嵇康則更重視莊子。他們借助于莊子追求個體精神自由的思想來反對名教、禮制的束縛，包括對現實政治的逃避。阮籍曾辛辣地諷刺儒家所推崇的“君子”，用躲在褲襠里的虱子譬喻其偽善、猥瑣。嵇康則更直接地菲薄儒家圣人周公、孔子、乃至儒學經典《六經》，主張“越名教而任自然”。這些，也許更能通過他們反對世俗禮教的非常稀奇可怪的荒誕行為-為人所津津樂道的“放達”當中。這些行為既反映了他們對禮教中偽善一面的激烈抗戰，也反映了他們對自我個性解放(包括感性自我)的追求。嵇康死于司馬氏集團之手，所加的罪名就是反對“名教”。阮籍也有人借口其不遵孝道而欲加以懲治，因其一向謹慎、不臧否人物而最終得以身免。
與阮籍、嵇康同為竹林七賢的向秀則表現了不同的思想傾向。向秀與嵇康、呂安友善，曾共同隱居山林，后來，嵇康、呂安被殺，向秀入京為官。司馬昭當時這樣問他，“聽說你有隱士之志，為什么到這里來?”向秀回答，“隱者只是有所不為之士，與儒家圣人之心相距甚遠，沒有什么值得羨慕的。”這個應答的確反映了向秀對儒學名教的看法。向秀把人的心智情欲乃至社會倫理道德都歸結為“天理自然”。這里，他所謂“自然”與何晏、王弼的“以無為本”已經有較大的區別，“自然”意味著理或天理的自然法則。人有情有欲，出于自然法則，不過需“節之以禮”;禮出于人倫，人倫也源于自然法則。這些，正是對儒學名教的充分肯定。
如果說以阮籍、嵇康為代表的竹林七賢荒唐可怪的放達行為背后蘊含著深刻的思想內涵與精神抗爭的話，那么，繼之而起的一些爭相效法他們行徑的名士們則徒有其行，缺乏那樣一種精神實質，有人稱其為“作達”。晉惠帝元康年間(291-299>)，此風盛行，或至于赤身裸體，丑態百出。樂廣曾這樣評價這種現象，“名教內自有樂地”-不必如此(《晉書·樂廣傳》)。裴危則以其《崇有論》(見《晉書·裴危傳》)肯定名教，反對超越，肯定有為，反對無為，反映了玄學思潮向儒學的回歸。裴危反對以無為本，而推崇“有”。他所說的“有”，就是“總混群本”的“宗極之道”，即“天理”、“至理”，包括自然之理與社會倫理。不過，裴危反對“理”的超越性，以當下存在的現象界就是自然界的本源，現實的社會存在就是名教的根源。自然與社會存在是相通的，但裴危更強調社會存在。“理”的內在化就是人的性情，故此要“保生存宜”。“生”是自然的生命存在，包括生理欲望;“宜”則為社會倫理、道德法則。在裴危看來，“存宜”完全出于人的內在情感需要，“擇乎其宜，所謂情也”。裴危的崇有論，站在維護禮制的立場上對儒學思想的建樹有一定的深刻性，雖然他仍是一個玄學家。
郭象是玄學思潮的最后總結者，他綜合以前玄學家們關于名教與自然的爭論，最終完全同一名教與自然。郭象否定了有超越于萬物存在之上的“道”、“無”，存在是“自然而然”、自己這樣，沒有使之然者。這就是郭象的“自然”、“獨化”說，它完全否定了神學目的論與自然決定論。自然既是萬物的存在形式，也是萬物的根本性質，如此，郭象又引出“性分”的概念。因為萬物的“性分”都是自然而然、完全自足的，因此無所謂大小、高下的差別。萬物都以自身為標準、為“極”，只要完成了性分之內的自我實現，也就達成了自由。關鍵在于，郭象把社會地位的尊卑貴賤、社會倫理的仁義道德，也完全歸結為“性分”之內的事情。就是說，“名教”與“自然”是完全合一的。對君臣、父子之義的逃避，反而成了超越性分、違反自然的庸人自擾的行為了。社會就是自然，自為就是無為，“廟堂之上”就是“山林之中”，倫理主義與自然主義的合一，是郭象融合儒、道的方法論的主要特征。
郭象后，玄學思潮隨著西晉的滅亡、東晉的南遷仍然四處曼衍，不過已日漸衰落，代之而起的是佛教與佛學的繁榮。佛學以其與玄學的合流，迅速在中國繁衍，逐漸成為直至隋唐的中國哲學的主要思潮。這個時期的儒學在官方的維護下，仍以經學的形式頑強地延續著。不過，作為哲學思潮，無論在理論建樹上、還是社會影響上，都無法與玄學、佛學思潮相抗衡。這一段的儒學的經學發展形式更象是一制度上的殘余，借其慣性在盲目地運作著，兩晉、南北朝乃至隋唐，都是這樣。