水污染的主要危害：
1.水體污染對人體健康的危害
水是人體主要的組成部分，人體的一切生理活動，如輸送營養、調節溫度、排泄廢物等都要靠水來完成。人喝了被污染的水體或吃了被水體污染的食物，就會對健康帶來危害。
飲用水中氟含量過高，會引起牙齒琺斑及色素沉淀，嚴重時會引起牙齒脫落。相反含氟量過低時，會發生齲齒病等。當人畜糞便等生物性污染物管理不當也會污染水體，嚴重時會引起細菌性腸道傳染病，如傷寒、霍亂、痢疾等，也會引起某些寄生蟲病等。19世紀歐洲一些城市由于飲水不清潔，時常發生霍亂，1882年德國漢堡市由于飲水不潔，導致霍亂流行，死亡7500多人。水體中還含有一些可致癌的物質，農民常常施用一些除草劑或除蟲劑，如苯胺、苯并芘和其他多環芳烴等，它們都可進入水體。這些污染物可以在懸浮物、底泥和水生生物體內積累，若長期飲用這樣的水，就可能誘發癌癥。據統計，水污染引發的癌癥死亡率20世紀90年代比30年前高出1.45倍。
2.對工業生產的影響
水質受到污染會影響工業產品的產量和質量，造成嚴重的經濟損失。水質污染同時會使工業用水的處理費用增加。
3.對農業、漁業生產的影響
農田水分對農作物發育及生長的影響，不僅表現在數量上，而且也表現在質量上。使用污染的天然水體或直接使用污染水來灌溉農田，會破壞土壤，影響農作物的生長，造成減產，嚴重時則顆粒無收。當土壤被污染的水體污染后，會在今后長時間內失去土壤的功能作用，造成土地資源嚴重浪費。據統計，由于水污染，已造成了160多萬公頃農田糧食減產，減產糧食達25～50億公斤。
水也是水生生物生存的介質。當水受到污染，就會危及到水生生物生長和繁衍，并造成漁業大幅度減產。如黃河的蘭州段原有18個魚種，其中8個魚種現已絕跡。自1987年以來連續3次發生的死魚事故，直接經濟損失達1 000多萬元。由于水體污染也會使魚的質量下降，據統計，每年由于魚的質量問題造成的經濟損失多達300億元。