故事敘述在美國南北戰爭時期，有五個被困在南軍中的北方人，其中一個還是個孩子，趁著一個機會用氣球逃脫了。他們中途被風暴吹落在太平洋中的一個荒島上，但是他們并沒有絕望，而是團結互助，運用大家的智慧和辛勤勞動，從赤手空拳一直到制造出陶器、玻璃、風磨、電報機等等，從而建立起富裕幸福的生活。
他們在一次意外中馴化了一只黑猩猩于普(Jup，又譯杰普、朱普)，還挽救了在附近另一孤島獨居了十二年而失去理智的罪犯艾爾通(故事見《格蘭特船長的兒女》)，使他恢復了人性，成為他們的忠實的伙伴。
有一次，一群海盜來到了這個島，并發現了他們的存在，最后他們憑借智慧與神秘人的.幫助打敗了海盜。
這幾個遇難者在荒島上度過的歲月里，每當危難時刻，總有一個神秘人物在援助他們，這個人就是在他們到達之前就已住在島上一個巖洞里的尼摩船長(《海底兩萬里》一書中的主人公、潛水船鸚鵡螺號的建造者)。
這些荒島上的遇難者雖然什么也不缺，但是他們并沒有放棄返回祖國的努力。最后，在一次火山爆發中，這幾個人都險些喪命，直到格蘭特船長的兒子羅伯特所指揮的“鄧肯號”經過那里，才將他們搭救。
回到美國之后，這幾個“島民”又重新開始他們在島上建立的事業。